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明確な理由があってアクセスしてほしくないページがサイト内にあるならばnofollowを付けても構いませんが、「なんとなく」とか「いつかどこかで誰かがそう言っていたから」という理由ならば付ける必要はまったくありません。

ネガティブな影響を受けることは通常ないはずですが、使い方を間違うと意図せずにGooglebotのアクセスを禁止してしまいインデックスされないページが出てくるかもしれません。

インデックスさせたくないなら、noindex robot meta タグを設定するほうが確実です。