L’arrivée de la Réforme dans l’ancienne Confédération a fondamentalement modifié l’histoire de la Suisse. Elle a obligé les cantons à apprendre à gérer la diversité religieuse. Avec aujourd’hui 500 ans de recul, quelle trace cette histoire a-t-elle laissée dans l’ADN helvétique? En quoi la démocratie directe, la valeur du travail, la capacité à gérer la diversité sont-elles redevables de la Réforme?

Les guerres de religion en France vont entraîner l’exode de près de 300'000 huguenots. Une partie d’entre eux transiteront par l’ancienne Confédération et environ 20'000 seulement s’y établiront. La mauvaise situation économique des cantons expliquent en partie la difficulté que ces réfugiés réformés français rencontreront pour s’installer.

Les critiques et la nouvelle théologie des réformateurs ont obligés l’Eglise catholique à entreprendre un large mouvement de rénovation. Le Concile de Trente, qui s’ouvre en 1545 et durera jusqu’en 1563, marquera la fin de l’Eglise catholique du Moyen-Age. La question de la formation du clergé et la réforme de ses mœurs deviendront des priorités. Les positions théologiques catholiques seront définies avec clarté. Et la "Reconquista" catholique s’appuiera sur de nouveaux ordres religieux, en particulier les jésuites.